Kind: captions
Language: id
Halo assalamualaikum warahmatullahi
wabarokatuh berjumpa lagi dengan saya di
channel itu saya ensiklopedia Ahmad
Fauzi di video Sebelumnya kita telah
mempelajari bagaimana caranya memodelkan
protein secara tiga dimensi kemudian di
video tersebut kita juga telah
mempelajari bagaimana memfasilitasi
struktur tiga dimensi tersebut dengan
menggunakan beberapa cara salah satunya
dengan menggunakan ramachandran Cloud
seperti ini di video tersebut kita juga
telah berkenalan dengan timal yaitu
software yang bisa memvisualisasikan
struktur tiga dimensi dari protein yang
yang telah kita modelkan tersebut dan
pada video kali ini Mari kita
mempelajari bagaimana caranya melakukan
molekular doping antara protein tersebut
dengan senyawa alami yang sudah kita
pilih di beberapa video sebelumnya
langkah yang harus kita lakukan yang
pertama adalah kita siapkan atau kita
preparasi struktur tiga dimensi dari
protein target Oke kita buka api
terlebih dahulu ini pemalu saya
kalau link timbulnya Seperti yang saya
sampaikan di video sebelumnya ada di
bawah video sebelumnya tersebut di kolom
deskripsi Anda bisa mendownloadnya
melalui link tersebut kemudian setelah
timbulnya terbuka Mari kita buka file
struktur tiga dimensi protein yang telah
kita siapkan di video sebelumnya
kemarin di folder download nah ini ya
protein RBB one Open
Oke ini tampilannya ya saya maksudnya
agar tampilannya lebih besar kalau ingin
menggerak-gerakkan seperti ini caranya
budaya kita klik kiri Mouse kita
kemudian tidak kita lepas kita geser
geser Mouse sehingga bisa bergerak
seperti kalau ini besar kecilkan
perikanan yang dilakukan kemudian jika
atas kebawah sehingga bisa mengecil
membesar seperti itu kemudian
sekarang kita bisa preparasi struktur
tiga dimensi ini menggunakan Bimo
misalkan kita menginginkan struktur tiga
dimensi ini bebas dari air misalkan saja
kita memperoleh struktur ini bukan dari
pemodelan tapi langsung dari database
default kemudian masih ada airnya
Bagaimana cara menghilangkannya nah
disini kembali lagi di sisi kanan ada
beberapa pilihan ya kemudian kita bisa
kita dipilih Yang ah ya ulang lagi
tombol Adio limited Saya klik kemudian
pilih Brimob quotes ya jadinya airnya
hilangkan kalau misalkan ada airnya
airnya maka sudah hilang Nah setelah
airnya hilang molekul ini bisa kita
simpan Bagaimana cara menyimpannya nah
ini saya minimalis lagi disini di file
tombol klik kiri sekali kemudian Syekh
molekul yang ini klik kiri sekali
kemudian ini dipastikan Hai sudah
terpilih kemudian klik ok lalu kita
simpan di folder yang kita inginkan
misalkan saya tetap default gendut
kemudian namanya kita ganti misalkan RBB
One
bersih-bersih dari air maksudnya
tipenya masih bdfg ya kayaknya kemudian
kita klik
ok setelah protein sudah siap sudah kita
preparasi waktunya kita melakukan
molekular detik walaupun rohingya dengan
bantuan software yang namanya
yang kita bisa download ya lirik secara
gratis melalui bantuan Google kita akses
Google kemudian kita bisa Tuliskan pyhx
seperti ini kemudian enter kemudian di
sini ada lirik source code ini ya
Welcome to the website ini bisa kita
klik kita bisa gratis ini ini ada cus
tombol sini kita pilih kamu kita
download nanti setelah di-download
diklik next next next daya yang ada
centangnya dibiarkan enggak usah
dihilangkan atau ditambahkan kemudian
nanti Insyaallah
program virusnya berhasil terdownload
Nanti kalau sudah terdownload tinggal
dicari saja kita Klik tombol Windows ini
kita Tuliskan
kemudian kalau sudah mencuri aplikasi
virus seperti ini kita klik kirim sekali
kemudian kita tunggu Azhar software
tersebut terbuka
timal ini bisa kita tutup ya karena
sudah tidak kita gunakan nanti kita
gunakan lagi Tapi sementara kita tutup
doa
Oke ini tampilan software trik yang
sudah terbuka biar besar
sekarang bagaimana caranya di sini ada
berbagai menu ya sekarang kita pilih
yang openbabel terlebih dahulu kita klik
kiri sekali kemudian kita Arahkan kursor
Kita karaoke di sini ada Insert new item
ya pakai tombol ini kemudian kita klik
kiri sekali sehingga akan muncul kotak
seperti
kemudian kita ke folder tempat kita
menyimpan senyawa alami kita nah ini ya
ini senyawa alami yang pernah kita
siapkan di beberapa video sebelumnya
menggunakan kurkumin kemudian klik Open
sehingga senyawa tersebut masuk ke sini
kemudian senyawa ini kita klik kiri
kemudian Klik Kanan setelah Klik Kanan
kita pilih minimize old
jadinya kita minimasi ini perlu
dilakukan ya kita minimasi kita klik
nah ini sudah termini masih Anda juga
bisa melakukan minimasi dengan
menggunakan berbagai senyawa lain
senyawanya dimasukkan kesini semua
minimal sehingga semuanya
energinya di ini masih
kemudian setelah berhasil di minimart
ini perlu kita sih lagi cara ngetiknya
gimana Klik Kanan kemudian kita pilih
save as
kemudian kita ke folder yang kita
inginkan pingin disimpan di mana saya
kembali ke folder download misalkan
kemudian nama file-nya curcumin curcumin
kemudian bisa kita tambahkan keterangan
minimasi lalu tipe format dari file yang
kita simpan ini pede kita cari yang pede
kemudian kita klik kemudian kita Steve
kita flixsif Oke ini masih sudah selesai
Sekarang waktunya kita lakukan Rocky
caranya gimana kembali ke arah sini
bawah kiri ada tulisan Vina Wizard ini
kita
kemudian kita Arahkan kursor kita kearah
kanan disini ada tombol Start kita klik
lagi lalu di sini ada Fb Gan ada Euro
molekul ini karena beberapa waktu yang
lalu saya pernah tidak pernah mencoba ya
maka muncul seperti ini kalau yang belum
pernah
menggunakan trik
bagaimana Kok bisa kosong agar kosong
ini saya pilih aja biar tampilannya sama
Oke
ini enggak usah diperhatikan ya saya
tidak diperhatikan saya kembali lagi ke
final Wizard
kemudian di sini ada adegan ada at makro
molekul ligan adalah senyawa alami kita
yang ukurannya kecil makro molekul
adalah protein target kita yang
ukurannya besar jangan sampai kebalik
nanti bingung
sekarang kita klik apply Gan terlebih
dahulu ligan adalah senyawa alami yang
kecil yang tadi sudah kita minimasi kita
cari folder tempat kita menyimpan
senyawa alami tersebut
kurkumin minimasi Ayo kita klik kemudian
kita pilih tombol Open
udah masuk kemudian Sekarang waktunya
kita mau masukkan makro molekul atau
protein target kita jadinya tombol
snowcrow molekul ini kita klik kemudian
kita masukkan struktur tiga dimensi dari
RBB yang tadi Wow ternyata Airnya sudah
dilakukan alias RGB one bersih kita klik
kemudian klik Open kemudian kita tunggu
prosesnya kadang pada saat kita
memasukkan seperti ini maut
respondingnya seperti not responding
corresponding nanti kita bisa menutup
tirai ini lagi kemudian kita buka lagi
nanti bisa bisa kembali normal nah ini
contohnya saya
Anda bisa langsung menggunakan banyak
artinya Anda bisa langsung banyak
senyawa alami maka bisa
Misalkan tambah software Hai tambah
hasil ngebren dan sebagainya sehingga
nanti hujannya banyak oke setelah itu
ini diklik makromolekul nya ini yang
kita pilih RBB ini kita klik
kemudian kalau berhasil klik disini akan
mokkol tombol powernya menyala seperti
ini Nah setelah itu kalau memang enggak
berhasil Coba klik kesini lagi Kemudian
klik kesini lagi
hingga nanti tombol powernya warna hitam
bagus kemudian kita klik power
kemudian di video kali ini kita belajar
bagaimana caranya melakukan blocking
secara general jadinya dopingnya nanti
senyawa kurkumin nya bisa nempel di
daerah manapun dari rdb Kalau anda ingin
melakukan blocking spesifik maka great
ini bisa diatur bisa diletakkan di
daerah dimana kita menargetkan senyawa
alami tersebut bisa namun pada video
kali ini kita pakai doping
jadinya di Hai di keterangan ini kita
maximize sehingga beratnya meluasnya
seperti seluruh protein target daerah
dibuatin target Nah setelah selesai
kemudian kita bisa pilih ini kursor ke
kiri bawah ada rantina kita klik Campina
kemudian kita tunggu prosesnya
nanti akan muncul seperti ini ya
boardingnya ini kita tunggu sampai 100%
dahulu
seperti yang saya katakan tadi ligan ini
bisa lebih dari satu bahkan kalau lebih
bagus kita bisa menambahkan kontrol
berupa obat senyawa obat bisa kita
peroleh dari Oke maupun drag bike
webserver bisa dimasukkan kesini juga
sehingga nanti bisa kita bandingkan
hasil docking antara senyawa alami kita
dengan senyawa alami dengan obat kontrol
juga begitu nah ini hasilnya di bagian
bawah kalau kita memasukkan diganti sini
makan nanti berbagai Niken lain juga
muncul misalkan ada Sogol ada gingerol
akan muncul di sini juga obat kontrol
juga muncul kemudian Bagaimana cara
membaca hasil doping seperti ini manakah
yang paling bagus yang paling bagus
adalah yang banding of initinya paling
negatif yang muncul atas ini Paling
negatif jadi misalkan ada beberapa
senyawa alami pembanding ada obat
kemudian ada senyawa alami yang Kita uji
Maka kalau kita ingin memilih senyawa
alami terbaik adalah senyawa alami yang
baik di hp-nya yang paling negatif nah
ini yang paling negatif yang tekan lain
enggak ada pembandingnya ya Ya sudah
yang paling baik
enam poin 2.2 selanjutnya hasil docking
ini perlu kita
bagaimana caranya kita kembali ke arah
atas kiri sini kemudian yang air bersih
underscore comment adalah ini masih ini
merupakan hasil ini perlu di Tasik
gimana kita Klik Kanan kemudian save
spdb
kemudian kita pilih folder tempat kita
ingin misalkan folder gendut lagi
kemudian kita kasih nama misalkan
senyawanya kurkumin yang keluar command
block
kemudian ini kita tetap wolfis ya
kemudian kita pilih Steve karena tadi
seksinya sebagai PBB otomatis menjadi
PBB nanti setelah ini selesai waktunya
kita buka timal lagi
Oke sudah terbuka Sekarang waktunya kita
buka hasil docking kita klik file
kemudian Open caranya seperti tadi
kemudian kita cari folder downloads
folder tempat kita menyimpan SD doping
kemudian bedanya dengan tadi sekarang
kita buka dua file sekaligus yaitu hal
senyawa alami setelah dibooking dan
file-file protein target jadinya ini
kita klik kiri kemudian kita tekan
kontrol di keyboard kemudian kita pilih
senyawa target kita yang bersih dari itu
RBB one underscore bersih ini ya
dua-duanya terklik kemudian klik Open
nah ini hasilnya ya Nah kemudian bisa
kita maximize besar ya ini tersenyumnya
masuk jadinya kemudian agar gelas
manakah ini makro molekul nyata
proteinnya dan Manakah senyawa lainnya
agar jelas kita coba bedakan
membedakan tampilannya caranya gimana
kita kembali disini old kemudian kita
pilih
kemudian kita pilih preset ini
kemudian kita pilih ligan size Nah
setelah ligan sayap kita pilih di sini
Misalkan menggunakan kartun nah sehingga
hasilnya seperti ini kalau kita ingin
kecilkan kita tekan Klik Kanan kemudian
kita tarik ke Wah save kita ingin
putar-putar kita menggunakan klik kiri
bisa kita Arahkan nyanyi hasilnya Ya ini
yang tengah ini ini merupakan ligannya
senyawa alaminya sedangkan yang besar
ini ini struktur dua dimensi dari
protein targetnya itu ya kemudian di
sini bisa kita lihat ada ikatan kimianya
begitu struktur tiga dimensi bagus sih
bentuknya tapi agak kurang jelas kalau
kita lihat kita bisa kalau ingin melihat
Bagaimanakah interaksi kimiawi secara
dua dimensi bisa kita bisa kita pisau
visualisasikan tapi tidak menggunakan
menggunakan webserver di internet
caranya gimana untuk melakukan analisis
tersebut hasil visualisasi antara
bookingan antara protein dengan senyawa
alami ini perlu kita sih terlebih dahulu
cara ngeceknya gimana kita
sekali lagi kesini kemudian kita pilih
file kemudian kita pilih save molekul
kemudian air bersih dan kurkumin dog ini
kita Klik dua-duanya sama caranya kita
klik salah satu kontrol kemudian kita
klik satunya
protein dan senyawanya kita
kemudian Oke
kemudian file-nya bisa tetap seperti ini
tabungan seperti ini kemudian kita klik
Steve
lalu kita ke browser ke Google
kemudian kita bisa menuliskan berprotein
+
protein +
kemudian enter kemudian di sini ada
cendrung Furby informatik ini ini bisa
kita klik
sehingga kita diarahkan ke website dari
protein + semacam ini kita
visualisasikan secara dua dimensi bisa
kita upload filenya Disini yang upload
protein bukan applicant kita Cut file
kemudian kita upload
yang ha apa visualisasi antara yang
terakhir Anto King antara senyawa dan
protein target yang barusan kita sih
tadi jadinya paling atas kemudian klik
Open
kalau berhasil akan muncul namanya Dini
kemudian go
nah ini hasilnya cantik sekali ya Ini
sementara hampir sama seperti tim oleh
di tampilannya kalau kita ingin fokuskan
diri dan maka kita bisa
Red langsung kita Zoom kesitu secara
otomatis tadi kita ingin lihat dua
dimensinya agar lebih terlihat jelas
Turkinya Gimana caranya di sini ada
berbagai pilihan kita pilih post view to
the Interaction diagram
Hai
kemudian akan muncul seperti ini kita
klik pos biologi tombol
kemudian
di sini kita klik crepe sehingga disini
otomatis muncul
kemudian kita klik Calculate tombol
disini kita tunggu sebentar
Nah ini hasil diagram 2 dimensi yang
menggambarkan interaksi antara ligan
dengan target ini merupakan ikatan
hidrogen Sedangkan ini ikatan hidrofobik
ini residu dari asam amino protein
target ini kemudian bisa kita baik ini
maupun ini ataupun yang di Timur itu
kita ambil gambarnya kemudian kita
laporkan
Bagaimana caranya kita melakukan
blocking di video selanjutnya kita akan
lanjut analisisnya ini kan kelihatan
kurkumin bisa berinteraksi dengan
protein target yang terlibat dalam
pembentukan kanker sehingga kesimpulan
sementaranya bisa kita katakan kurkumin
ini bisa saja menjadi kandidat obat
untuk kanker namun sebelum kita
simpulkan seperti itu perlu kita
analisis Apakah dia memang layak menjadi
obat Apakah dia punya kemiripan dengan
obat Apakah dia struktur fisikokimianya
sejalan dengan obat paramagnetiknya
Bagaimana apakah dia toksik atau tidak
nah prediksi-prediksi
analisis tersebut akan kita lakukan di
video selanjutnya terima kasih
assalamualaikum warahmatullahi