Penyiapan Struktur dan Analisis Potensi Senyawa Alami sebagai Kandidat Obat secara Bioinformatika
YWeFFFwGxLE • 2022-07-29
Transcript preview
Open
Kind: captions Language: id Halo assalamualaikum warahmatullahi wabarokatuh berjumpa lagi dengan saya di channel YouTube saya ensiklopedia Ahmad Fauzi di video kali ini dan di beberapa video ke depan kita akan mempelajari bagaimana caranya melakukan analisis biofarmasetika yang bertujuan mencari senyawa alami yang mampu menjadi kandidat obat penyakit tertentu dan pada video kali ini Mari kita dalami bagaimana caranya mencari struktur senyawa alami dan mengkaji potensinya sebagai kandidat obat dari penyakit tertentu Sekarang mari kita tentukan terlebih dahulu senyawa alami yang ingin kita jadikan contoh kasus dalam menentukan senyawa alami ada berbagai pendekatan ya misalkan kita sudah kelebba sah kita sudah kelek biologi kita punya penelitian sendiri penelitian kita mengkaji zat X terhadap penyakit y z x ini bisa kita jadikan senyawa alam kita atau berdasarkan penelitian peneliti lain peneliti lain sedang meneliti adanya potensi senyawa X yang mampu menjadi kandidat obat browser penyakit y dan dikajinya melalui Le basah nah senyawa tersebut bisa kita angkat sebagai senyawa alami yang akan kita teliti secara Informatika atau dari pengetahuan masyarakat di masyarakat mengenal dan mengetahui serta mempercayai tanaman Tertentu bisa mengobati penyakit tertentu nah tanaman tersebut bisa kita cari senyawa aktifnya apa saja nah senyawa aktif ini yang kemudian kita angkat sebagai senyawa alami yang akan kita analisis secara Informatika misalkan saja di Indonesia itu jahit terkenal sebagai obat dari berbagai penyakit nah ini saja yang kita angkat misalkan jahe sebagai antikanker Nah kalau kita sudah menentukan jahe sebagai tanaman yang akan kita analisis maka kita harus mencari senyawa bioaktif apa saja yang terkandung didalam Day kita bisa Kalau basah ekstraksi sendiri kemudian kita identifikasi sendiri senyawa alami apa saja yang ada di jahit tersebut Namun kalau kita tidak memungkinkan melakukan hal tersebut kita bisa juga menggunakan penelitian terdahulu yang telah mengekstraksi senyawa alami dari jahe misalkan ya kandungan senyawa alami dari jahe ini kita cari di Google kita cari penelitian-penelitian yang sudah mengekstraksi kandungan senyawa alami dari jahe gitu ya misalkan menggunakan kata kunci seperti ini atau mungkin seperti ini ekstraksi senyawa alami dari jahe kemudian tinggal kita download saja ya atau menggunakan bahasa Inggris the list of you aktif empon from finger Misalkan seperti ini Ya udah kita cari kemudian kita download kita baca Hai misalkan dari artikel ini kita lihat Apa saja bioactive compounds atau senyawa bioaktif yang ada di dalam jahe tinggal kita teliti kita baca hati-hati Maka nanti akan ketemu berbagai senyawa alami tersebut ya kemudian ini masih proses Hani Bisa dicek sendiri ya nanti kemungkinan ada senyawa yang namanya si ngeberesin kemudian misalkan kurkumin kemudian Sogol ada gingerol dan sebagainya dari berbagai senyawa aktif tersebut Coba kita pilih salah satu dahulu misalkan kurkumin jadinya kita ingin melakukan penelitian secara Informatika Apakah kurkumin memang mampu menjadi kandidat obat kanker begitu setelah kita menentukan Senyawa apa yang ingin kita analisis langkah selanjutnya adalah kita harus mencari struktur senyawa alami tersebut untuk mencari atau mendapatkan struktur senyawa alami Oke kita harus the database nah database yang bisa kita gunakan adalah camp ya di Google kita bisa mengetikkan Pak camp kemudian ini hasil pencariannya kemudian kita pilih yang patcham dari McD ini ya ini kita klik pakai m.jd.com rm.com ini halamannya kemudian disini ada Kolom pencarian kemudian nama senyawa alami bisa kita tulis disini misalkan yang tadi sudah kita tentukan curcumin curcumin kemudian kita enter setelah itu akan muncul hasil pencarian ada banyak ya kemudian biasanya di paling atas sini ada best match nah ini saja yang kita pilih ya kalau nggak muncul best Maps Yaudah kita pilih yang paling pertama begitu atau kita ingin mendownload beberapa juga silahkan Nah sekarang Coba kita pilih yang ini kita klik disini maka kita akan diarahkan ke halaman yang berisikan Detail informasi terkait hukum ini nah ini ada macam-macam ada informasi terkait kurkumin Nah tadi fokus kita kenapa kita ingin ke Pak m karena kita ingin mendownload subtour dari kurkumin bagaimana caranya di sini ada daftar isi ya Ada konten nah disini nomor satu structure di sini ada tanda panah ke bawah ini kita klik kemudian di Point 1.2 ada 3D konformer 3D konformer ini bisa kita klik kiri sekali maka kita akan diarahkan kearah bawah ini Nah inilah struktur tiga dimensi dari kurkumin ini perlu kita download Bagaimana cara downloadnya disini ada menu ada tombol download ini kita klik kemudian ada pilihan beberapa jenis file format file kita pilih yang sdf kita klik Steve sehingga si kurkumin ini struktur Tiga dimensinya sudah terdownload dalam bentuk atau format PDF ini namanya konformer Tri di Anda scores ID dan seterusnya kita lihat ya di Windows Explorer namanya agak susah ini untuk memudahkan kita kita bisa merinding nama dari file ini misalkan namanya Kita sesuaikan dengan nama senyawa yang kita cari kurkumin jadinya seperti ini kurkumin.pdf biar lebih mudah menamai file ini Oke kemudian Selain Kita men-download syukur tiga dimensi dalam bentuk sdf kita juga perlu mencari smashnya cemils nah Apa itu Smash saja kita lihat Disini di konten sebelah kanan ini ada name and identifier ini tanda panah kebawah kita klik kemudian disini 2.1.4 ada kanonikal smile ini kita klik kiri sekali maka kita diarahkan ke menu kanonikal Smash di sisi kiri Ini nah ini adalah smiles dari senyawa kurkumin hal ini perlu kita copy kontrol C kemudian kita buka note Pep kemudian kita bisa kita saling knotted kalau memang perlu ngepet ini kita save juga kemudian kita kasih nama Miles kurkumin seperti itu Misalkan Tapi kalau nggak mau di-save juga silakan tapi yang jelas Smash dari kurkumin ini harus kita salin dan harus kita simpan Kenapa karena Smash ini akan digunakan sebagai dasar analisis di langkah selanjutnya Oke sekarang kita sudah mendapatkan syukur kurkumin baik dalam format swf maupun Smile nya Sekarang mari kita kaji Apakah benar kurkumin berpotensi sebagai antikanker untuk mengkaji potensi tersebut kita harus ke webserver yang namanya pas online kita bisa ke Google kemudian kita tulis paste online seperti ini setelah hasil pencarian muncul pilih online yang dari website gue itu drag.com jangan yang pas online.co.id yang waktu Dragon kita klik sehingga kita akan diarahkan ke halaman semacam ini langkah selanjutnya di sini ada Ghofur prediction Oh ya Sebelum saya lanjut terkadang website ini tidak bisa diakses oleh beberapa operator ya Ketika saya menggunakan Indosat kadang pas online tidak bisa diakses namun ketika saya menggunakan Telkomsel atau menggunakan wifi dari kampus malah bisa begitu jadinya bagi Anda yang tidak bisa mengakses pasonline coba gunakan operator lain atau nunut Wifi dari orang lain atau dari kampus Anda ini website online dari white kemudian di sini ada tombol go proprediction dibawah tulisan online ini kita klik setelah kita klik akan muncul pop up seperti ini kalau kita belum punya akun di whitelight maka kita harus registrasi terlebih dahulu maka di tombol registration ini kita klik kiri sekali lalu kita tulis biodata kita disini emailnya kita tulis kemudian nama awal misalkan Ahmad nama akhir Fauzi kemudian position misalkan melek er atau kalau anda mahasiswa bisa ditulis student company a a bisa nama kampus kita Universitas Muhammadiyah Malang misalkan kemudian jalan tidak perlu diisi Siti harus kisi-kisi nama kota kita malah misalkan provinsinya tidak harus discordnya tidak harus santrinya harus dipilih saya di Indonesia kemudian bidang kita atau bidang yang tertarik Nah misalkan B Informatika jadinya ini tanda panah ini kita klik kemudian kita pilih salah satu kita klik kiri lagi kemudian di sini ada tombol F ini kita klik kemudian email harus diisi lagi kemudian kita kasih nama Hai akun yang ingin kita gunakan sebagai akun kita Dewi Putra misalkan Fauzi 91 kemudian disini ada keterangan ya tidak boleh kurang dari empat Karakter nama lebih menjeda kemudian m not robot ini dicentang Lalu nanti diklik Eye Cream Saya tidak klik airbrush saat ini karena saya sebetulnya sudah punya akun b Nanti anda kalau sudah ia beri maka registrasi anda sudah selesai setelah registrasi selesai kita kembali ke halaman utama website Nah sekarang kita kembali lagi ke tombol Bop rekor prediction ini kita klik kemudian kita isi lagi Ndan password kita loh passwordnya dari mana kita bisa cek Imel kita kalau registrasinya Brazil makan nanti kita akan memperolehi email dari waktu yang berisikan di user atau login here password kita misalkan di email saya di sini ada Imelda riwettu drag kemudian title emailnya white udah registration data kalau kita buka email ini akan ada nama username kita kemudian ada password kita ini yang kita Isikan di pop ini nama user saya Fauzi 91 kemudian disini passwordnya tinggal kita copy saja kita Salin di sini kemudian enter setelah itu website kita tampilannya seperti ini website online lalu kita klik predictio komponen setelah itu akan ada tombol Smash ini kita klik Lalu ada kolom tempat smiles bisa kita Letakkan kita bisa kembali ke frame lagi kita copies mereknya atau yang tadi Dino Pet itu ya Innova itu bisa kita gunakan untuk Hai nah ini saya copy lagi Kemudian saya Letakkan di sini saya salin kemudian klik get prediction setelah kita klik get prediction kita bisa Scroll ke arah bawah nah ini hasil-hasil Prediksi potensi dari kurkumin di sini ada list aktivitas biologis yang diprediksi melibatkan kurkumin atau dalam artian lain kurkumin diprediksi dapat terlibat dari berbagai aktivitas geologis ini kemudian ini ada PR dan pipit8174 IV pada berbagai aktivitas biologis ini sedangkan paid to probability in active kemungkinan si kurkumin menjadi inaktif di berbagai aktivitasnya Nah tadi dibuat ISIS kita hipotesis awal kita senyawa kurkumin dapat berpotensi sebagai cone kandidat obat kanker maka karena ini aktivitas biologisnya banyak kita bisa paint bisa menggunakan control of your untuk mencari kata-kata kunci terbaik kanker dari licin Kalau Anda mengangkat penyakitnya osteoporosis maka anda coba cari katakunci kata kunci yang berkaitan dengan Osteoporosis bisa dari nama Enzim yang terlibat atau alur metabolisme yang terlibat atau fenomena biologis yang pribadi osteoporosis kalau hebat ISIS juga seperti itu jadinya tergantung penyakitnya coba phyllis katakunci nya lalu kita fine bisik contohnya tadi ya misalkan kita kanker maka saya bisa Klik control FT di keyboard maka disini akan muncul kotak paint ya misalkan kanker kata kunci pertama yang berkaitan erat dengan kanker yaitu bahasa Inggrisnya center Nah di sini ada prostate Cancer treatment nah Sebelum saya membahas ini mumpung saya ingat di sini ada pea lebih besar dari Tipe lebih bisa dari 0,3 validasi tinggal koma tujuh Maksudnya apa kalau pea lebih besar dari 0,3 maka secara LED kering secara in silico senyawa yang kita analisis terbukti terlibat di berbagai aktivitas ini sedangkan kalau PH lebih dari 0,7 artinya sudah dicopykan bahwa senyawa tersebut secara lebih basah terlibat dari berbagai aktivitas ini nah pea ini bisa kita lihat ini baiknya kita bisa memfilter kita cuma ingin peta yang lebih besar dari by tinggal diklik kemudian klik ok atau Saya ingin mencari aktivitas biologis yang bisa melibatkan kurkumin namun sudah terbukti secara in silico maka kita pilih pea lebih besar dari 0,3 atau kita sempitkan lagi saya hanya ingin mencari potensi kurkumin terlibat dari berbagai aktivitas yang sudah dibuktikan secara lebih basah maka kita pilih Pea yang 0,7 BGT ya kemudian jangan lupa diklik oke oke kembali lagi tadi kita menekankan nya kata kunci Cancer langsung saya klik nah ini prostat Cancer treatment ph-nya 0,54 jadinya secara in silico senyawa kurkumin memang berpotensi terlibat sebagai treatment dari kanker kanker prostat kemudian di sini ada antineoplastik neoplastik itu semacam jaringan yang pembelahan selnya tidak terkendali antineoplastik breast Cancer ph-nya 0,58 jadinya kurkumin berpotensi secara in silico memang pribadi dalam penekanan breast Cancer kemudian saya cari lagi menggunakan kata kunci Cancer yang selanjutnya antineoplastik lagi tapi pada lung queensland belum Cancer apa kanker paru-paru Kanker paru-paru lagi Kemudian ini serviks kanker serviks juga sebagai antineoplastik tapi probability aktifnya hanya 0,3 23 ya kemudian ini lebih rendah lagi 0,2 13 dia terlibat sebagai Hai editor dari fresh Cancer resisten protein kita bisa menggunakan kata kunci lain yang berkaitan dengan kanker misalkan karsinoma karsinoma Tetris Karachi atau karsinogen jadinya kanker itu biasanya ada istilah karsinoma antineoplastik karsinoma tapi hanya kecil sekali yang lain itu juga kecil nah ini lumayan besar antikarsinogenik antikarsinogenik karsinogen itu ya kanker itu sendiri karsinogenesis itu pembentukan sel tumor atau kanker jadinya antikarsinogenik itu semacam penekanan pembelahan sel kanker Oke Jadinya kalau berdasarkan pas online dari website memang kurkumin ini berpotensi sebagai senyawa yang mampu menjadi kandidat obat kanker Kenapa karena berdasarkan nulis aktivitas biologis ini Hai ternyata kurkumin terhebat tadi sebagai antineoplastik terlibat sebagai antikarsinogen ribet sebagai yang lainnya begitu namun ini masih tahapan awal dari analisis gempar matikah dalam pencarian kandidat obat sebagai senyawa alami penyakit senyawa alami kandidat obat penyakit tertentu ya ini masih kajian potensi Nah langkah selanjutnya adalah kita harus mencari protein target protein target dari kurkumin kemudian kita lihat analisisnya kita lihat interaksinya apakah benar kurkumin ini bisa berikatan dengan protein target yang terlibat dalam pembentukan kanker atau Pulau penyakit lain misalkan osteoporosis yang anda angkat Apakah benar senyawa alami yang Anda pilih itu dapat berinteraksi dengan protein protein yang terlibat dalam kemunculan senyawa osteoporosis maka langkah selanjutnya setelah kita mengkaji potensi senyawa alami menggunakan pas online di selanjutnya adalah kita mengidentifikasi protein-protein target yang bisa menjadi target senyawa alami telah kita pilih namun bagaimana cara mencari protein target tersebut akan kita bahas di video selanjutnya saya akhiri video kali ini terima kasih assalamualaikum warahmatullahi wabarakatuh
Resume
Categories